Egresados de la sede Manizales formados con apoyo de investigadores del IBA han sido pasantes de universidades de Francia, Inglaterra, España, México, Brasil, Argentina, Sur África, Canadá, Estados Unidos, Bélgica, Italia, Portugal. La mayor parte de estos estudiantes continúan haciendo parte de los grupos de investigación, y, en algunos casos se han dado co-direcciones de tesis de maestría y doctorado de profesores locales con extranjeros.

Igualmente se han recibido pasantes por estancias cortas de Inglaterra, Argentina, México, Estados Unidos, Brasil, Portugal, Alemania, Chile y España, así como estancias de posdoctorado de investigadores húngaros y mexicanos. En proyectos de intercambio académico, algunos de ellos financiados por Minciencias, sobresalen los que se han realizado con Brasil en secado de frutas y biocatalizadores, con México en predicción de propiedades, con España en emisiones de biocombustibles y con China y Corea en biocombustibles.

Otras consecuencias positivas de estas tareas de internacionalización incluyen la producción académica creciente de autoría compartida (libros, capítulos de libro, artículos y ponencias) entre profesores y estudiantes adscritos a los proyectos del IBA e investigadores de otros países. A esto se suma una labor constante de los investigadores del Instituto como evaluadores científicos de alrededor de veinte revistas indexadas ISI.