El Instituto de Biotecnología y Agroindustria - IBA, inicialmente fue creado en el año 2007 como una dependencia adscrita a la Dirección de Laboratorios de la Sede, con el nombre de Plantas Piloto en Biotecnología y Agroindustria - PPBA. La proposición, gestión y coordinación de la construcción y puesta en marcha de las PPBA ha sido realizada por los siguientes grupos de investigación:
Estos grupos de investigación gestores comenzaron el proceso que culminó con la construcción de la primera etapa de las PPBA, liderando inicialmente acciones que buscaron la identificación de la comunidad científica, el estado de la investigación, la infraestructura disponible y el interés de los industriales en la biotecnología en el Departamento de Caldas.
Fue así como promovieron tres encuentros regionales. El primero de ellos, desarrollado en 1996, se orientó al campo específico de la biotecnología industrial encontrándose un potencial importante de trabajo de interés para la región principalmente en el aprovechamiento de residuos biomásicos de explotaciones agrícolas e industriales. El segundo, llevado a cabo en octubre de 1997, dentro de una serie de talleres promovidos por un comité interinstitucional de investigaciones de Manizales, analizó con mayor amplitud el estado de avance de la biotecnología regional; el tercero, organizado por la Universidad Nacional de Colombia Sede Manizales, Cenicafé y la Gobernación de Caldas, tuvo lugar en abril de 2005 y analizó el potencial departamental para proyectos productivos y de transformación con alta componente en conocimiento en las áreas de biotecnología agropecuaria, alimentaria e industrial. Paralelamente los grupos de investigación han colaborado en la organización y participación en seminarios bi-anuales de frutales, en asocio con el Centro de desarrollo tecnológico de frutales, CDTF, entre los años 1994 y 2006, en donde ha sido evidente la necesidad del desarrollo de opciones económicas de transformación de los frutales tropicales, materiales de gran importancia económica y futuro para el departamento y la región.
Luego de la participación del profesor Carlos Orrego en la formulación de una propuesta de un Plan de Desarrollo Agroindustrial para la administración del gobernador Tony Jozame Amar (1996-1999), y de la colaboración de los investigadores gestores de este proyecto en el período de gobernación de Luis Alfonso Arias Aristizábal (2000-2004), elaboraron una propuesta, para darle cuerpo e impulso a los Distritos Agroindustriales, conformada por tres proyectos: Una Especialización en Gestión de Proyectos de Desarrollo Agroindustrial, dirigida a los funcionarios de la Secretaría de Agricultura Departamental; un trabajo cuyo objetivo fue estudiar la viabilidad de un plan de siembra y aprovechamiento de plantas aromáticas y aceites esenciales; y la construcción de las PPBA como unidad líder de la innovación en agroindustria y biotecnología industrial en Caldas. Los dos primeros proyectos se llevaron a cabo y el tercero pasó a estudio de la administración del gobernador Emilio Echeverri Mejía (2004-2008) en la que se hizo la concertación con la Vicerrectoría de la Universidad Nacional de Colombia Sede Manizales, a cargo en ese momento del Profesor Jorge Eduardo Hurtado Gómez, para destinar algunos de los recursos de la “Estampilla Pro-universidades” para apoyo a esta iniciativa.